فرایند ارزیابی مجله سازمان نظام پزشکی مشهد به صورت الکترونیکی و با متوسط زمان بررسی 8 هفته ای از زمان تحویل مقاله تا تصمیم نهایی سردبیر، صورت می پذیرد. مجله توسط هیئت تحریریه مشتمل از محققان برجسته پزشکی، ویراستاری و مقالات توسط سه داور منتخب از گروه ارزیابی تخصصی، هیئت تحریریه، و یا داوران پیشنهادی هیئت تحریریه ارزیابی می‌گردند. ارزیابی داوران 4 هفته به طول می انجامد و ایشان مناسب بودن مقاله جهت چاپ در مجله را بر اساس معیارهای تعریف‌شده بررسی می‌کنند. نتیجه‌گیری مقالات باید بوسیله آمار و اطلاعات دقیق و با رعایت اصول اخلاقی پشتیبانی گردد. محتوای مقاله باید از انسجام کافی و لازم برخوردار و تناسب آن با اهداف و چشم انداز مجله گویا باشد. تصمیم گیری در خصوص چاپ مقاله توسط سردبیر و برمبنای نظرات داوران صورت می پذیرد. پس از اتمام فرایند داوری، یکی از شرایط پذیرش، اصلاح، ارسال مجدد و یا عدم پذیرش برای نویسندگان ارسال می‌گردد. اگر تصمیم مبتنی بر اصلاح یا ارسال مجدد مقاله قرار گیرد، ضروری است، نویسندگان محترم، مقاله را پیش از ارسال مجدد بر اساس بر نکات و پیشنهاد‌های مطرح شده توسط داوران، ویراستاران و سردبیر مجله، اصلاح و بازنویسی نمایند.